近年來，灌云縣大力推進醫療保險，下發《關于調整職工基本保險有關政策的通知》，執行新的報銷標準和報銷比例，降低個人醫療費用負擔。在全縣開展職工醫保大病保險業務，參保人員個人帳戶每人每月扣一元，醫保統籌基金每人每月扣一元，組成職工大病保險基金，進一步減輕了職工參保病人的醫療費用負擔。職工醫療保險、工傷保險、生育保險參保人數分別為6.3萬人、3.9萬人、3.5萬人，分別完成目標任務的101%、100%和101%。職工醫保基金、工傷保險基金、生育保險基金收入分別為13000萬元、750萬元、529萬元。2016年度城鎮居民醫療保險參保人數為5.1萬人，城鎮基本醫療保險參保人數為11.6萬人，完成目標任務的100%。